Johannes Magnus chào đời tại Linköping, là con trai của thị dân Måns Pedersson và vợ là Kristina Kruse. (Riêng ông sau này tự nhận mình là hậu duệ của một gia đình quý tộc có tên là Store chưa xác định rõ ràng.)[1]Magnus được vua Gustav I Vasa chọn làm Tổng giám mục vào năm 1523. Khi ông sắp sửa chuẩn bị đi đến Rôma để thụ lễ tấn phong, một sắc lệnh từ Giáo hoàng Clement VII gửi tới triều đình của vua Gustav Vasa, nói rằng vị Tổng giám mục trước đây là Gustav Trolle, từng có một thời sống lưu vong ở nước ngoài, nên được phục chức. Sắc lệnh này đã tuyên bố việc phế bỏ Trolle là bất hợp pháp.

Tuy nhiên, Gustav Trolle bị coi là kẻ phản bội đất nước, và Gustav Vasa không thể phục chức được nữa. Thay vào đó, ông phớt lờ sắc lệnh của giáo hoàng và tự đặt Magnus vào chức ấy mà không có sự chấp thuận của giáo hoàng. Thế nhưng, sau một thời gian dài, Johannes Magnus đã chống đối lại bằng cách tuyên bố sự bất mãn của ông với giáo lý Lutheran do anh em Olaus và Laurentius Petri truyền bá khắp nơi, dưới sự giám sát của vua Gustav Vasa. Nhà vua sau đó đã đưa ông sang Nga làm nhà ngoại giao năm 1526. Johannes Magnus cẩn thận không trở về quê hương trong thời gian đó vì cho rằng ông chưa sẵn lòng làm việc này. Gustav Vasa đã bổ nhiệm một vị Tổng giám mục mới là Laurentius Petri vào năm 1531, và Johannes nhận thấy rằng thời kỳ làm tổng giám mục của mình đã kết thúc.

Em trai của ông tên là Olaus Magnus, trong lúc ấy đã đến Roma để giải thích vấn đề Gustav Trolle cho Giáo hoàng. Năm 1533 Giáo hoàng hoàn thành việc điều tra vấn đề của Trolle và quyết định rằng Magnus là người kế nhiệm phù hợp nhất, và Magnus đã đến Rôma thụ lễ tấn phong. Tuy vậy, vì Thụy Điển giờ đây không còn sự chỉ đạo từ Vatican nữa, cả hai anh em vẫn ở Ý trong suốt phần đời còn lại.

Magnus đã dành hầu hết thời gian ở Venezia và Roma để viết nên hai tác phẩm lịch sử về Thụy Điển: Historia de omnibus Gothorum Sueonumque regibus và Historia metropolitanæ ecclesiæ Upsaliensis, vốn rất quan trọng nhờ vào thông tin lịch sử của chúng, nhưng cũng đầy rẫy những câu chuyện không có căn cứ xác đáng. Johannes qua đời tại Roma vào năm 1544, kể từ sau cái chết của ông coi như thế hệ các tổng giám mục Thụy Điển nhận được sự tôn phong của Giáo hoàng đã chấm dứt.